日本語のニュアンスを英語で表現するのは本当に難しいですね。'100年後まで ごきげんよう'というフレーズには、長い時間を超えて相手の幸福を願う、とても詩的な響きがあります。直訳すると'Stay well for 100 years'となりますが、これだと少し機械的な印象に。
より自然な英語表現としては'May you stay happy for a hundred years'が良いかもしれません。'May you~'の構文は祝福の気持ちを込められるし、'a hundred years'も詩的な響きがあります。特に『ヴァイオレット・エヴァーガーデン』のような作品の世界観なら、この訳がしっくりくる気がします。
文化背景を考慮すると、'Farewell for a century'とも訳せますが、これは少し悲しい別れのニュアンスが強くなってしまいます。元の日本語の明るさを保つなら、最初の提案が最も適切でしょう。